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国家自然科学基金是20世纪80年代初，为推动我国科技体制改革，变革科研经费拨款方式，中国科学院89位院士（学部委员）致函党中央、国务院建议的。
随后，在邓小平同志的亲切关怀下，国务院于1986年2月14日批准成立中华人民共和国国家自然科学基金委员会。自然科学基金坚持支持基础研究，逐渐形成和发展了由研究项目、人才项目和环境条件项目三大系列组成的资助格局。三十多年来，自然科学基金在推动我国自然科学基础研究的发展，促进基础学科建设，发现、培养优秀科技人才等方面取得了巨大成绩。
2021年，国家自然科学基金共资助4.87万个项目。
2023年2月28日，国家统计局发布《中华人民共和国2022年国民经济和社会发展统计公报》，初步核算，2022年国家自然科学基金共资助5.19万个项目。
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