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厦门市博物馆于1983年筹建，1988年正式对外开放，旧馆原址位于鼓浪屿的八卦楼。
2006年6月，经中共厦门市委机构编制委员会批准，将厦门市郑成功纪念馆、厦门市文化遗产保护中心并入厦门市博物馆，如今的厦门市博物馆由厦门博物馆主馆、郑成功纪念馆、厦门经济特区纪念馆、厦门市文化遗产保护中心、思明破狱斗争陈列馆、陈化成纪念馆、陈胜元故居七个部分组成，为全民所有制事业单位，隶属厦门市文化局管理，是一座地方综合性博物馆。
2007年新馆迁至位于厦门市思明区体育路95号的厦门文化艺术中心，新馆建筑面积25300平方米，展厅面积9597平方米，库房面积2800平方米，新馆较之旧馆建筑面积扩大6倍。
厦门市博物馆还致力于闽台两岸及传世珍贵文物的收藏、保护、研究、陈列，利用博物馆直观的展品，宣传文物政策，普及文物知识，弘扬中华民族的传统文化，进行爱国主义教育。
2018年9月，经中国博物馆协会决定同意厦门市博物馆为国家二级博物馆。
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