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2004年5月，经国家教育部和江苏省政府批准，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院合并组建南通大学。南通大学成立后，学校便设立了南通大学杂志社，列入学校直属单位序列。杂志社统一归口管理、编辑、出版《南通大学学报》社会科学版、自然科学版、医学版、教育科学版和《交通医学》等5种公开发行的学术期刊。
本刊主要刊载本院及教学医院和全国交通系统医疗卫生单位，在基础医学和临床医学、预防医学、中医学和航海医学等方面的最新成果和有一定学术水平的医学论文。 高水平的编委会和业务能力较强的编辑部班子是保证本刊质量的关键因素。读者对象主要为从事医药卫生工作的中高级科研、医疗、教学、预防机构人员和高等医药学院校的师生。本刊作为中国科技情报所科技论文统计分析对象被列为国内主要科技期刊。
杂志社现有5种刊物为：
《南通大学学报（社会科学版）》，双月刊，刊号为CN32-1754/C，ISSN1673-2359。本刊为中国人文社会科学学报核心期刊，全国百强社科学报，中国人文社会科学引文数据库来源期刊，RCCSE核心期刊（A），CSSCI来源期刊，全国高校百强社科期刊，“中国人文社会科学综合评价AMI”扩展期刊，江苏省一级期刊。
《南通大学学报（自然科学版）》，季刊，刊号为CN32-1755/N，ISSN1673-2340。本刊为RCCSE核心期刊（扩展版），江苏省一级期刊。
《南通大学学报（医学版）》，双月刊，刊号为CN32-1807/R，ISSN1647-7887。本刊为江苏省一级期刊。
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