SimoneB-29B是贝尔马丽埃塔工厂专门生产的减重型号。根据在日本上空的作战经验，通常日本战斗机喜欢从轰炸机群的尾部发起进攻，与B-17在德国的情形大不相同。所以部队要求生产一种只保留尾部自卫火力的B-29，可以大大减轻自重，增加载弹量。B-29B的尾部安装了新型AN/APG-15B雷达，可以侦测到逼近的敌机并控制尾部机枪射击。去除了所有的炮塔和通用电气的火控系统后，B-29B的最大时速在7,620米时增加到 586公里，适合执行炸了就跑的无护航轰炸和照相侦察任务。部份节省下来的重量也可用于增加载弹量上。B-29B典型的机组编制是七到八人，这是因为去掉了左右炮手，并且由雷达操作员兼任投弹手，但保留了中央火控炮手，任务是观测员。
B-29B并没有获得单独的大批订单，通常是从贝尔的B-29生产线上进行小批量甚至单架的临时生产。B-29B在外观与李梅将军 1945年火攻日本时改装拆掉炮的B-29几乎一模一样，只能通锋搜过尾部雷达天线和序列号辨别。
1945年1月到9月，贝尔共制造了311架B-29B，其中大部份都在当年进入马里亚纳的第315轰炸机联队服役。
战后，B-29B帕苏珊爱人号（44-84061）进行了远程飞行改装。配备了B-29A后期型的“安迪·干普”发动机舱，R-3350-CA-2燃料喷射发动机和特别设计的三叶宽弦螺旋桨。“帕苏珊爱人”号创下数个远距离飞行记录，包括1945 年11月进行的从关岛到华盛顿12,737公里的不间断飞行。 二战期间，对超远程侦察机的需求日益增长。B-17和B-24都有侦察机改型用于执行此类任务，但它们的航程都不足以满足在太平洋战场操作的要求。美国陆军航空军认为B-29是唯一适合执行超远程侦察任务的机型，并将一架B-29-BW（42-6412）改装了特殊照相器材，测试成功后从B-29和B-29A生产线上抽出118架用于安装仙童光学器材公司与航空技术服务司令部联合研制的照相侦察设备。无论是B-29还是B-29A改装的侦察机，型号统称为F-13A（F是Photo之意）。所有的 F-13A都在大陆航空公司（Continental Air Line）的丹佛改装中心进行改装，基本上每架飞机在后部乘员舱的后下方都安装了一组6部照相机，其中3部K-17B、两部K-22和一部K-18 照相机。照相机通过后机身底部和侧面开的取景窗口取景，领航员兼任摄像师，通过投弹手舱位的一具改进过的B-3偏流计照相。
F-13A后来又在后弹舱内安装了半永久性油箱，前弹舱内则可以挂载照相闪光弹或者用以容纳附灶睁加胶卷或相机。保留了所有的防御武器，标准的机组编制是11人，其中包括一名照相机械师，负责在飞行中维护和操作照相系统。1944年10月13日，首架F-13A“东京玫瑰”号（Tokyo Rose）抵达塞班，并在同一天执行了对东京的侦察任务。这次的侦察为以后对日本首都的空袭提供了宝贵的图像资料。第 1和第3照相侦察中队的F-13A部署在中国和马里亚纳群岛直到战争结束。战争结束后，许多的F-13A拆除了除尾部机枪外的自卫武器。1948年，新成立的美国空军将F-13A的型号重新改为RB-29（B-29改装）和RB-29A（B-29A改装）。朝鲜战争中，部署在横田机场的第 91战略侦察中队RB-29（和一部分RB-50）再一次执行了超远程侦察任务。朝鲜战争中美国空军的最后一次任务是第91中队的RB-29A对北朝鲜航空基地的侦察。 二战期间，英国人就在研究空中加油技术，到 1945 年，一家名叫空中加油有限公司为他们的空中加油系统取得了专利，标志着该技术的初步成形。美国空军对此项能够大大增加轰炸机和战斗机航程的技术很感兴趣，在 1948 年从英国购买了 92 套空中加/受油设备并在波音公司的威奇塔工厂为 B-29 进行改装。KB-29M加油机在前后弹舱内都安装了可投弃的油箱，每个容量尾部安装了软管，卷架，绞车和燃料泵。每个炸弹舱内安装了一个单独的可投弃的油箱，每个容量 8,700 升。油箱接通机上加油系统，其中的燃油可以输送到受油机上。在B-29MR受油机机尾配备了受油接头和软管绞盘。
1948 年 3 月 28 日，两架经过改装的 B-29 加/受油机演示了系统的可行性。出于安全考虑在测试中输送的是水而不是燃油，5 月份又成功进行了燃油输送试验银辩历。受到演示成功的鼓舞，美国空军决定将 92 架 B-29 改装为 KB-29M 加油机。为了这次改装，波音在 1948 年重开了已关闭的威奇塔 2 号工厂。另外有 74 架 B-29 改装为受油机，最初型号定为B-29L，后来改为B-29MR。 鉴于软管加油系统的种种缺点，波音研发了至今仍在广泛使用的硬管式加油系统。基本上去掉了软管式系统的软管和线缆，绞车和卷架。改装后的B-29尾炮塔改为气泡形观察窗，下方安装两截可伸缩的加油杆，加油杆下部有两片液压控制的V形翼面，加油杆可以在一定范围内运。受油机机头上方装有受油座，空中加油时，KB-29P飞杆式加油机，的加油操作员控制加油杆的长度和方位，将其准确插入受油座内，连接完成后就开始加油。不使用时，加油杆收起固定在加油机尾部的支架上。
使用飞杆系统后，受油机只需作简单改装。但是受油机飞行员在空中加油时必须将飞机严格保持在加油机后下方一定范围内，确保与硬管的接触。加油机腹部的一些系列指示灯将帮助受油机飞行员控制飞机。
为了进行 KB-29P的改装，波音兰顿工厂已关闭的剩余部分（其余已经转产 C-97 运输机）重开，在 1950-51 年间将 116 架 B-29 改装成 KB-29P。1950 年 3 月，首架 KB-29P 交付给了战略空军司令部。
飞杆式空中加油系统主要用于为像轰炸机之类的大型飞机加油，但也可用于小型的战斗机。但空中加油公司改进的软管-浮锚式加油系统更适于小型飞机，在这个系统中，加油机尾部拖出加油软管，软管顶端装有浮锚，通过与战斗机机头的加油探头连接完成加油。一些 KB-29P 飞杆式加油机也进行了改装，在加油杆末端安装了很短的软管和浮锚。 一架 KB-29M（45-21734）安装了三套软管-浮锚式加油系统可以同时为3 架战斗机加油。一套系统安装在尾部，其他两套安装在翼尖下的吊舱中。这架飞机型号重新编为 YKB-29T，是战术空军司令部的第一架三点加油机。
但是 B-29 的速度无法和新式喷气式战斗机匹配，所以只改装了一架，三点加油系统应用到了日后的 KB-50 加油机中。 用 B-29 改装的气象侦察机，这些飞机为了搜集气象数据，经常要飞入飓风和台风的风眼中，一部分的 WB-29 安装了空气采样装置用于采集核试验后的空气样本。
