新华书店于1937年4月24日在延安创立,毛泽东主席为新华书店三次题写店招。2012年全国新华书店系统举办了纪念新华书店成立七十五周年活动。新华书店总店秉承新华书店光荣传统,按照党的指示一路从延安、西柏坡,随党中央进入北京。在1949年10月3日,共和国诞生之后三天,中央在北京即召开了全国新华书店出版工作会议,这是新中国成立以来召开的第一个全国会议。毛泽东主席、朱德总司令在中南海颐年堂接见了全体与会代表。会议通过了《关于统一全国新华书店的决定》,随后1950年3月25日发布了《关于统一全国新华书店的决定》,并在北京成立新华书店总管理处,下辖出版、发行、厂务三项业务,承担新中国出版物出版、印制和发行的重要工作。1951年1月1日,根据国家实行专业化分工的决定,将新华书店总管理处的出版处成立人民出版社;总管理处的厂务处成立新华印刷厂总管理处;总管理处的发行处成立为新华书店总店,为负责全国新华书店管理的领导机构,同时还承担对专营图书进出口业务的国际书店的领导。在其近36年(截止到1987年)对全国新华书店的管理、协调、调配锋举和发行政策制定中,新华书店总店在国家出版总署(后为文化部出版局、国家出版局、新闻出版署和新闻出版总署)的领导下,为新中国银告碧出版物发行事业壮大和社会主义文化市场的繁荣与发展做出了重要贡献。同时,在1979年——1982年间,总店还从集中京、津、沪三地新华书店的利润留成中支援内蒙、新疆、云南、西藏、青海和宁夏发展资金2359万元(其中总店直接下属单位北京发行所及储运公司就支持了1530万元)。为老少边穷地区新华书店发展做出巨大贡献。
1987年10月,根据同年成立的新闻出版署的指示,总店与其在京下属的北京发行所、储运公司合并,名称仍叫新华书店总店,为企业独立法人,自负盈亏。放弃对全国新华书店的指导权,同时承担署委托的对全国新华书店的培训干部、编写教材;编辑出版发行刊物;调查研究、反映情况;制订规章制度;负责全国发行统计工作;对外国际交流及总署委托的其他事项等六大任务。1994年,上述六项工作全部转交总署。总店作为国有大型图书批发企业独立开展经营活动。总店作为全国图书批发中盘(全国图书集散地),在成为友清企业法人后业务不断上升,直至1997年的发运销售图书总额18亿元,成为全国发货量最大的图书批发企业。并持续五年进入全国销售五百强企业。
在此期间,总店为全国新华书店系统的协调、合作和组织调研,反映情况,争取行业优惠政策(增值税先征后返、县以下农村发行所得税返回等)也做出许多努力,为筹备成立中国新华书店协会和行业发展发挥了主导作用。