三趾心颅跳鼠,体形小,体长一般不超过60毫米。尾细长,为体长两倍左右,尾毛稀疏,尾鳞可见,尾端有稀疏束状长毛,尾末毛特长,稀散放射排列,尾基于夏秋季因皮下脂肪积累而变粗。后肢比前肢长,后肢三趾,趾下具长毛,形成刷状毛垫。上门齿前无纵沟,触须特别发达,成束斜向后侧。背毛土棕灰色或灰红棕色;头部淡沙黄色;体侧较背毛色浅;腹及前后肢毛色白;尾浅灰棕色,尾上部较尾下色深,尾末端毛灰褐色,尾端向外散射的长毛白色污黄。头骨结构特异,颧弓不向外扩张,其前部(上颌骨之颧突)特别宽,由其腹面伸出一尖长的突起,其长度显著超过颧弓后部长度之半,听泡发达。该物种已列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2013年濒危物种红色名录ver3.1——易危(VU)。
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