1949年,国民党败退大陆,盛忠亮、秦曼云退居台湾。
1964年,秦曼云与辞职之后的盛忠亮(曾担任台湾“外交部”亚西司司长、驻乌拉圭全权公使)携三男二瞎竖女举家迁居美国经商,买卖兴隆,生活富裕。
秦曼云在晚年曾多次回国观光,还作为“爱国华侨”应邀参加过国庆观礼:1981年,秦曼云首次回国,多次向有关部门请求,想见见当纯森年莫斯科的老同学,组织上安做神亩排王鹤寿会见;1984年,当时国家军委副主席杨尚昆以莫斯科中山大学校友的身份,邀请盛忠亮访问大陆——台湾海峡两岸关系的破冰与融化,实自彼时启发其端;1986年秋,秦曼云回国探亲时专程去延安参观了关向应故居,并瞻仰了关向应的陵墓。
2001年12月17日,秦曼云在美国去世,享年93岁。