Simone1897年，上海创办，创办人为夏瑞芳、鲍咸恩、鲍咸昌、高凤池等。
1901年，张元济投资商务印书馆。 代印张元济与蔡元培创办的《外交报》。《华英音韵字典集成》发售预约。严复译《原富》（〔英〕亚丹·斯密著）由南洋公学印行（后归商务印书馆出版）。
1903年，设第一个分馆于汉口。十月，正式成立商务印书馆有限公司，吸收日资，改进印刷。首次使用著作权印花。编印小学“最新教科书”。创刊《绣像小说》半月刊，主编李伯元。译印《说部丛书》。 1907年在上海闸北宝山路建成印刷总厂和编译所新址。印刷所、编译所闸北宝山路新厦落成。始用珂罗版印刷。停办小学师范讲习班，附属小学改组为尚公小学，由蒋维乔任校长。郁厚培赴日本学习照相制版技术。蔡元培应聘为商务印书馆编译书籍。出版《汉译日本法规大全》八十册，另附《解字》一册，署南洋公学译书院译。出版《列国政要》三十二册（清廷派员考察各国政治辑译的资料）。
1909年将编译所收藏古籍善本和参考书籍的图书馆定名为涵芬楼，后改名为东方图书馆，对外开放。改进铜锌版和试制三色铜版，聘美籍技师指导。商务印书馆董事局于三月初八举行第一次会议，出席董事七人，张菊生为主席。办商业补习学校，张元济首任校长。办艺徒学校。创刊《教育杂志》。出版孙毓修编译《童话》一、二两集（中国最早出版的“童话”）。出版《汉译日本法律经济辞典》（中国最早译印的百科辞典）。与英国泰晤士报社协议印行所出《万国通史》（中国出版社对外合作的最初尝试）。
1914年，董事会收回日本股份。 设分馆于香港。创制教育幻灯片。创刊《学生杂志》，历任主编朱天民、杨贤江、陈功甫（1947年停刊）。出版康德《人心能力论：论意志能制病情》，德汉学家卫礼贤和周暹合译。
1932年，“一．二八”事变，日本帝国主义进犯淞沪。商务印书馆总管理处、总厂及编译所、东方图书馆、尚公小学被炸焚毁，损失巨大，被迫停业，解雇全部职工。八月一日复业，实行日出新书一种。十月，复刊《东方杂志》由胡愈之主编（第二十九卷第四号至第三十卷第六号）。
1932年，1月28日，日本海军陆扰悄战队突然袭击上海闸北，一·二八事变爆发，次日上午，日军飞机轰炸商务，位于宝山路的总管理处、编译所、四个印刷厂、仓库、尚公小学等皆中弹起火，全部焚毁。1932年，2月1日，日本浪人又潜入未被殃及的商务印书馆所属的东方图书馆纵火，全部藏缓指渣书化为灰烬。五层大楼成了空壳，其状惨不忍睹。
据统计，商务印书馆资产损失1630万元以上，占总资产的80%。最令人痛惜的是东方图书馆的全部藏书46万册，包括善本古籍3700多种，共35000多册；中国最为齐备的各地方志2600多种，共25000册，悉数烧毁，当时号称东亚第一的图书馆一夜之间突然消失，价值连城的善本孤本图书从此绝迹人寰，这不能不说是中国文化史上的一大劫难。有学者认为：火烧圆明园和商务印书馆被炸，是中国近代史上的最令人痛心的文明悲剧。
日军之所以要炸毁商务印书馆，时日军海军陆战队司令盐泽幸一讲的很明白：“烧毁闸北几条街，一年半年就可恢复。只有把商务印书馆这个中国最重要的文化机关焚毁了，它则永远不能恢复。”1933年，商务曾收到过一封日本浪人的恐吓信，信中说：“尔中国败孔道，立学堂，读些国语三民主义与立共和，打倒帝国主义，恶劣之道行天下，……尔馆独销学校之书，印些腐败之物。上海毁尔书馆，尔书馆还是恶习不改，仍印三民之书、党部之语。中国不忍傍观，所以毁尔书馆，今若不速改恶习，我军到处，是商务印书馆尽烧毁。”这段话更是说出了日军轰炸商务印书馆的原委。
1934年，东方图书馆复兴委员会接受德国驻沪总领事代表德国各著名学术团体捐赠图书三千余册。商务印书馆印刷厂香港分厂新厦建成于北角。辑印《四部丛刊续编》，收书八十一种，一四三八卷。辑印《四库全书珍本初集》。编印《万有文库》第二集。 编印《幼童文库》。出版黎锦熙《国语运动史纲》。出版吴半农译《资本论》（[德]马克思著）第一卷第一分册。影印《嘉庆重修一统志》。影印《六省通志》（湖南、浙江、广东、畿辅、湖北、山东）。
1941年总逗历管理处迁重庆。沪、港货栈和印刷厂均被日军劫持，《东方杂志》等被迫停刊。1944年，东方图书馆重庆分馆开馆。1946年，总管理处由重庆迁回上海。1948设台湾分馆。1950商务印书馆与三联书店、中华书局、开明书店、联营书店联合组织中国图书发行公司，为新华书店以外的中国第二个发行系统。1951设总管理处驻京办事处。编审部迁京。1954总管理处迁京，实行公私合营。商务印书馆与高等教育出版社合并。1957由高等教育出版社分出，恢复商务印书馆独立建制。时代出版社（包括并入该社的五十年代出版社）建制撤销，并入商务印书馆。设香港办事处。在港举办创业六十周年纪念会。出版《新华字典》（新一版）。 1958年，中国出版社业务分工，商务承担了翻译出版国外哲学社会科学和编纂出版中外语文辞书等出版任务，逐渐形成了以“汉译世界学术名著”“世界名人传记”为代表的翻译作品，和《辞源》《新华字典》《现代汉语词典》《英华大词典》等为代表的中外文语文辞书为主要支柱的出版格局。
