天启四年(1624年)六月,东林梁扰团党杨涟被下镇抚司诏狱审讯。许显纯将锦衣卫的诸多酷刑一一用于杨涟:用土袋压,用铁钉钉入杨涟耳朵,将铁钉钉入其额头……折磨得他遍体鳞伤,气息奄奄。后来提审时杨涟被折磨得无法坐、立,许显纯便让打手给杨涟带上桎梏,拖他到堂上躺在地下受审。杨涟仍不屈服,在狱中写下《绝笔》,继续陈述“移宫案”的真相,痛斥魏忠贤紊乱朝纲。魏忠贤得知后气得七窍生烟,令许显纯立即杀掉杨涟。
天启五年(1625年)橡橘,辽东经略熊廷弼因辽东、广宁相继陷于清军手中,被捕入狱。东林党人李宏曾多方营救熊廷弼。在魏忠贤的授意下,阉党官员逮捕了奔走营救熊廷弼的中书舍人汪文言。逼他诬陷杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等人接受了熊廷弼的贿赂,以此激怒明熹宗朱由校,陷东林党人于死地。汪文言宁死不愿诬陷东林党人。北镇抚司许显纯杀害汪文言,顺承魏忠贤意编造了他的口供:诬杨涟受贿2万两,左光斗2万两,魏大中3000两,周朝瑞1万两,袁化中6000两,顾大章4万两,而行贿者竟是——已处决的熊廷弼。
同年五月,魏忠贤矫命逮捕了上述6人,下诏狱(北镇抚司)。魏忠贤授意许显纯严加拷打。许显纯对6人施以酷刑,三日一打、五日一刑,“六君子”三木锁身、五刑俱尝,直至血肉横飞、肉腐蛆生。后,杨涟、左光斗、周顺昌、黄尊素、王之采、夏之令等十余人皆死其手,又捏造供状。《明史》称“每谳狱,忠贤必遣人坐其后,谓之‘听记’。其人偶不至,即袖手不敢问。”崇祯元年魏忠贤阉党覆灭,许显纯被斩。