Simone后醍醐天皇消灭了镰仓幕府后，就进行了第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。
由于新政未能大部分满足武士的要求，而且只重用京都的公卿贵族，故引来武士的不满。其中，倒幕大将足利尊氏更为洞兄不满，他虽然被赐给天皇名字中的尊字，但他想开幕府，结果足利尊氏迫后醍醐天皇退位。足利尊氏与失势的持明院统及反后醍醐帝的公家势力结合，拥立新天皇，新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，是为北朝。 后醍醐天皇退位后持着天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良县），是为南朝，至此南北朝（1334~1392年）终于形成。
镰仓幕府（1185年—1333年），是日本纳悔袭幕府政权的开始，其建立者是武将源赖朝，他于日本平安王朝的末期打败了贵族阶级的实权派平清盛一族，并逼迫在源平之战中为自己立下了汗马功劳的兄弟源义经自杀，达到了自己一手遮天的目的。
源平合战在日本可谓家喻户晓，作家信浓前司行长据此写成历史小说《平家物语》。
镰仓幕府的建立标志着日本由中央贵族掌握实际统治权的时代结束了，在贵族时代地位很低的武士登上了历史舞台，他们鄙视平安朝贵族萎靡的生活，崇尚以“忠君、节义、廉耻、勇武、坚忍”为核心的思想，结合儒学、佛教禅宗、神道，形成武士的精神支柱“武士道”。
13世纪元军侵日战争客观上使幕府进一步加强了对日本的统治。镰仓幕府的建立标志着日本天皇成为傀儡，幕府成为实际的政治中心。 建久三年〔1192年〕七月，源赖朝受封为征夷大将军，正式开幕，史称源氏幕府或镰仓幕府。镰仓幕府具有相对独立的统治机构，以镰仓为中心，触角几乎延伸到日本社会的每个角落，是真正意义上的武家政权。
在武家政权的中央也即镰仓，设置有负责行政的“公文所”，负责司法的“问注所”和负责军警权力的“侍所”，都直接从属于幕府将军。而在地方上，各国都设置守护职，从朝廷派驻的国司手中褫夺了军警大权，守护平时维持治安，监督御家人轮流戍守京都和镰仓〔称京都大番役和镰仓大番役〕，战时则统率国内的御家人出征。
幕府的经济基础来源于“关东御成败地”，在这里“成败”是“处分”的意思，指幕府将军有权管理，可随意处分的领地。这些领地包括三个部分：一，“关东御领”，即朝廷赏赐给赖朝个人的五百多处庄园；二，“关东御分国”，指朝廷把伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总八国的国司任免权下发给赖朝，可由幕府推荐御家人担任，并可由幕府直接解职；三，“关东进止所领”，即北条时政争取来的，幕府可在很多庄园和公领中设置地头的权力。顺便提一句，各国守护没有俸禄，一般也都兼任地头，从土地上获得报酬。
既然得到了全国的军警大权和强盛的经济基础，那么政治权力也就等于是幕府将军的囊中之物了。为了加强对京都及边远地区的控制，源赖朝还额外设置了京都守护、镇西奉行和奥州总奉行等官职，完善了所谓的“幕政”。其实“幕府”一词正和“将军”一词相同，都来源于中国，不过中国的将军们开幕建府，一旦攫取了天下的权力，很快就会改朝换代，从未出现过朝廷仍在，实权却连续许多代都掌握在幕府手中的事情，因此中国虽有幕府，却没有幕政。
镰仓幕府初期的政治权力，其实是并不完善的，为了尽快稳定局面，源赖朝对旧势力作了相当大的妥协，朝廷仍能利用国司等官职行使部分权力，当时的日本，被称为是“公武两重政权”。既然没有一棒子把朝廷打趴下，那么朝廷和幕府之间的斗争也就难以避免。
仅以京都来说，当时存在着三股大的势力，互相斗争也互相制约。一是幕府将军派驻的京都守护，二是关白九条兼实，三是后白河院的残党丹后局和源〔土御门〕通亲。一开始，九条兼实为了制约院权，主动向源赖朝靠拢，征夷大将军的头衔，就是他为赖朝争取得来的。然而在后白河院去世以后，赖朝却和实力渐弱的院的残党结合起来，准备向独霸朝廷的摄关家开刀了。
丹后局本是平业房的妻子，平业房被流放后，她主动接近已被平清盛架空了的后白河院，随即就被后白河院收为妾侍，她和源通亲并为后白河院的心腹，院的很多导致变乱的政策，都是出于此二人之手。
当时正是后鸟羽天皇在位，九条兼实和源通亲都把女儿嫁给天皇，但兼实的女儿任子虽然位居中宫，却只生下一名皇女，而通亲的养女虽为偏室，却生下了皇子为仁。于是，在幕府的支持下，建久七年〔1196年〕十一月，任子被赶出中宫，随即九条兼实被迫辞去关白之位，这被前携称为“建久七年的政变”。
两年后〔1198年〕，后鸟羽天皇传位给年仅三岁的为仁亲王，是为土御门天皇，源通亲以天皇外祖父的身份执掌朝政。建仁二年〔1202年〕十月，源通亲去世，后鸟羽上皇趁机夺回了权力，重开院政。又过了八年〔1210年〕，后鸟羽院以两度出现彗星为由，勒令还没成年的土御门天皇退位，扶自己另外一个儿子、十二岁的守成亲王登基，称为顺德天皇。当时有两位上皇，就有两位院，后鸟羽院称“本院”，土御门院称“新院”，天皇和新院，都得看本院的脸色行事。 首都镰仓常用语言日语主要宗教神道教 佛教 儒学政体幕府征夷大将军- 1192年 - 1199年源赖朝 (首)- 1308年 - 1333年守邦亲王 (末)执权- 1203年-1205年北条时政 (首)- 1327年-1333年北条守时 (末)历史 -建立1185年7月12日-终结1333年5月22日货币宋钱、元钱源赖朝消灭平氏后成为左右国家政局的人物，但是他并没有接管京都政府，而是致力于在关东建立和巩固自己的政权。在内战中他就确定形势险要的镰仓（神奈川县东南部）为根据地。
承治4年（公元1180年）在此设军事警察机关“侍所”，由源赖朝的亲信和田义盛(公元1147年—公元1213年）任长官“别当”，平时统领“御家人”， 战时以“军奉行”身份指挥军队。
寿永3年（公元1184年）设行政机关“公文所”（后改称“政所”），从京都请来老练的政治家大江广元(公元1148年—公元1225年）充任长官“别当”，掌管幕府的行政事务。该年又设司法机关“问注所”，长官“执事”由京都请来的法律家三善康信(公元1140年—公元1221年）担任，处理诉讼、审判事宜。至此，幕府的政治机构初具规模。
京都的后白河法皇为削弱源氏势力，文治元年（公元1185年）即平氏灭亡之后，命源义经征讨源赖朝。但源赖朝反过来成功地迫使后白河法皇发出追捕义经的院宣，同时迫使法皇承认他拥有在各国设置“守护”（初名总追捕使），在全日本所有庄园、公领设置“地头”的权力。这两种职务都由源赖朝的亲信武士“御家人”（家臣）充任，朝廷无权过问。守护是各国的军警头目，原则上一国一人，也有一人身兼数国的。其任务，平时同以前朝廷任命的押领使、国检非违使一样，武装维护封建秩序，监督“御家人”履行轮流警卫京都和镰仓的义务（“京都大番役”、“镰仓大番役”），战时则统率国内地头、“御家人”出征。守护并无特别报酬，一般都兼地头之职，以此取得收入。“地头”是庄园的监管人，为庄园领主和国衙征收租税和维护秩。地头之中属于原来作为开发领主拥有领地又获得“地头职”的所谓“本领安堵”的地头，继续取得原来所得；新任命的所谓“新恩”的地头则获得“给名”、“给田”，同时这两种地头还都有以征集“兵粮米”（军粮）的名义，按每段（反）5升的标准为自己从庄园和公领征收稻谷。
紧接着，源赖朝放逐了京都朝廷中对他抱有敌意的贵族，派进“京都守护”监视朝廷；在边远地九州设“镇西奉行”。文治5年（公元1189年）源赖朝在迫使窝藏源义经的奥州藤原泰衡杀掉源义经之后，立即又讨灭泰衡，设“奥州总奉行”。这样，他就掌握了全国大部分地区的军警权力。建久3年（公元1192年）旧势力的顽固捍卫者后白河法皇死去，源赖朝被任命为“征夷大将军”，取得了他渴望已久的军人最高头衔。至此，镰仓幕府名副其实地建立起来，开始了日本历史上军人专政的幕府统治时期。 幕府统治的物质基础是附以各种名称的庞大的“关东御成败地”，即将军的管辖地（“关东”指幕府将军，“成败”意为“处分”）。它主要由“关东御领”、“关东御分国”和“关东进止所领”构成。“关东御领”没收源平两氏领地而由朝廷赐给源赖朝的，包括散在全国各地的500多个庄园。“关东御分国”是朝廷授予源赖朝的知行国(封地），其内容同庄园的知行并无不同，最初计有伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总、丰后等9国，后来丰后除掉；各国的国司由幕府推荐的御家人担任。将军这两部分管辖地的收入是幕府的主要财源。“关东进止所领”是指将军拥有授职权的那些国衙领和庄园领地。
与京都朝廷不同，镰仓政权的社会阶级基础主要是在乡领主和那拥有一定经济实力的名主等中小土地所有者，而它的主要政治军事支柱则是“御家人”。御家人是源赖朝在征讨平氏过程中同他结成封建主从关系的武士，即将军的家臣。如前所述，御家人原来都是一些在乡领主、庄官、名主，跟随源赖朝参加内战，为的是他们不为京都贵族政权所承认并在贵族庄园制下极不稳定的土地所有权能得到确认。源赖朝保证了御家人原来的土地所有权，有的还赐与新的土地，并通过守护地头制的建立使之获得法律根据。对于将军的这种“御恩”，御家人须为将军“奉公”，即平时值卫京都、镰仓，战时率自己的一族舍身疆场，玩忽奉公义务就有被剥夺其御家人地位及其土地所有权的危险。于是在将军和御家人之间就通过“御恩”、“奉公”的关系建立起牢固的封建主从关系。
为增强幕府经济实力和谋求御家人的利益，源赖朝和幕府鼓励开荒，扩大耕地面积，为此曾制定大规模开发关东的计划，责成所在地头执行。鉴于平安贵族推行渴泽而渔政策招致农民反抗的历史经验，赖朝也采取了若干安定民生的措施，如减免部分地区贡租等。这些政策和措施有利于生产的发展。为了要保持一支效忠于己的善战军队，他还一再告诫部下要过检朴生活，反对奢侈浪费。
